В результате сегрегации населения Восточного Тимора от голода и болезней скончались более 200 000 человек.
Сепаратистские выступления продолжались вплоть до 1999 года, когда был созван самопровозглашенный референдум Восточного Тимора. 75% населения высказались за отделение от Индонезии. Референдум перерос в массовые выступления, которые были жестоко подавлены войсками Индонезии.
Под давлением международного сообщества в 2002 году Индонезия предоставила независимость Восточному Тимору
Вице-президент Юсуф Хабиб
В 1997 году произошел глобальный азиатский кризис. В результате кризиса курс национальной валюты Индонезии значительно упал, что привело к массовым выступлениям, особенно среди зажиточных китайцев. Массовые выступления привели к падению режима Сухарто. 21 мая 1998 Сухарто передал бразды правления вице-президенту Бачаруддину Юсуфу Хабибу.
7 июня 1999 года состоялись первые демократические выборы президента Индонезии. На выборах одержала победу Мегавати Сукарнопутри - дочь первого президента Индонезии Сукарно.
Мегавати Сукарнопутри
Однако парламент Индонезии в обход законов сместил Мегавати Сукарнопутри с поста президента. Президентское кресло занял Абдурахман Вахид.
В результате политической и экономической нестабильности обострились внутринациональные конфликты в основном имеющие религиозную основу. Массовые выступления наблюдались в Аче, на Борнео и в Ириан Джая.
Сепаратисты объявили независимость Ириан Джая, провозгласив республику Западное Папуа. Антиправительственные выступления были подавлены, сепаратистское движение в Ириан Джая не получило международной поддержки. В провинции Ириан Джая имеются золотые и медные рудники, Западное Папуа стратегически важная территории Индонезии.
В 2000 году было произведено расследование деятельности бывшего диктатора Индонезии Сухарто. Диктатор, правивший страной 32 года, был обвинен в коррупции, присвоении денежных средств и убытках на общую сумму более 1.5 млрд. долларов. Однако бывший диктатор был признан неподлежащим суду всвязи со слабым здоровьем.
В сентябре 2000 года сын диктатора Сухарто Хутома был обвинен в махинациях с недвижимостью. Хутома Сухарто сбежал из-под ареста, скрывался, и был арестован в ноябре 2001. В июле 2002, он был приговорен 15 годам лишения свободы.